Визуализация корреляционных сетей с использованием пакета iGraph
Эффективным методом изучения большинства естественных и социальных систем является их графическое представление в форме сети - набора объектов (вершин или узлов графа), объединенных логическими или физическими связями (ребрами). Визуальное представление сетей позволяет получить компактную, целостную и наглядную картину явлений, происходящих в системе. Формальный анализ структуры сформированного графа различными математическими методами дает возможность решать такие задачи как отбор наиболее информативных звеньев системы, выделение компактных сообществ и кластеризация, нахождение дерева кратчайшего пути и построение сети максимальной пропускной способности.
Ранее мы рассматривали моделирование корреляционных связей в экологических сообществах с помощью сетей, построенных с использованием пакета qgraph. В настоящем сообщении мы продолжим этот разговор, рассматривая работу с пакетом igraph, который, в принципе, предназначен для сходных целей, но и имеет существенные концептуальные отличия. Если qgraph ориентирован, в основном, на пристальный анализ корреляционных связей, то igraph имеет более универсальный характер и включает развитый аппарат настройки свойств графической визуализации.
В качестве примера мы используем корреляционные матрицы, сформированные по результатам многолетнего изучения донных сообществ малых и средних рек бассейна Средней и Нижней Волги, а также данные мониторинга абиотических факторов в этом регионе. Полный комплект исходных данных можно скачать здесь .
Текст сообщения в формате PDF может быть загружен с ресурса
