Визуализация корреляций

Моделирование корреляционных связей в сообществе с помощью сетей

Использование корреляционных графов (плеяд Терентьева) имеет давнюю традицию для визуализации и анализа связей в сообществах.  Настоящее сообщение рассматривает технику применения функций пакета qgraph версии 1.6.4  на примере анализа таксономической структуры сообществ водных организмов по серии гидробиологических проб. В нем рассматривается целый круг методических вопросов, в том числе:

• различные формы и элементы дизайна, используемые при построении насыщенных графов корреляционных сетей;
• выделение статистически значимых связей между узлами;
• способы задания группировки узлов и использование методов многомерного анализа для целенаправленной ординации и кластеризации данных;
• частные корреляционные сети и пути решения проблем, связанные с отрицательной определенностью корреляционной матрицы;
• использование препроцессинга исходного пространства признаков с использованием алгоритма Boruta;
• нахождение оптимального графа сети с использованием пошаговой процедуры и информационных критериев;
• оптимизация частной корреляционной сети на основе адаптивного алгоритма регуляризации лассо.

Показано, что пакет qgraph  является  не только превосходным инструментом визуализации сетей, но и содержит полный набор графоаналитических методов, включая «разрежение» взвешенных матриц данных и оптимизацию структуры формируемого графа.

Текст сообщения в формате PDF может быть загружен с ресурса
http://www.ievbras.ru/ecostat/Kiril/R/Blog/14_QGraph.pdf